キリスト教の布教とともに、日本ではポルトガル・スペイン、いわゆる「南蛮」との貿易が始まります。
南蛮貿易により流入したさまざまな技術や学問、それらに影響を受けて生み出された新たな文化について紹介しています。

キリスト教徒の信仰生活の中心であるミサについて、信徒ではない方々にもわかりやすく説明しています。

印刷、建築、医学、福祉、その他さまざまな分野の知識を持ち活躍したド・ロ神父の紹介と、神父にゆかりある資料を展示しています。特に神父の名を冠した「ド・ロ版画」は、再布教期の信徒たちの教義理解を助ける役割を果たし、当館の貴重な収蔵資料のひとつとなっています。

プティジャン司教にはじまる長崎教区（大司教区）の歴史を、大浦天主堂の祭服コレクションとともに紹介しています。

信徒発見後、いまだ禁教期のなかで信徒たちは自らの信仰を公にしはじめました。その結果、信徒たちは逮捕され、日本各地への流配や拷問をうけ、棄教を迫られました。それでも信仰を棄てることを選ばなかった信徒たちの強い意思と、神を愛する心を感じていただけるような展示となっています。

南蛮船の入港地となった長崎には、船とともに多くの宣教師が訪れ、布教活動を行いました。たくさんの教会が立ち並び、多くの信徒たちがキリスト教の教えに倣った慈善事業を行っていました。「慈悲の所作」と呼ばれていた模範的行動14か条を中心に、長崎でのキリスト教について説明しています。

130を超える長崎県内の教会堂を紹介しています。